A Vatikán egyik tagja I. János Pál pápát mindössze néhány héttel megválasztása után megölte 1978-ban. Sokan azt állítják, hogy azon szándéka következtében, miszerint fontolóra venné a fogamzásgátló tabletták használatának engedélyezését, egy vatikáni bennfentes meggyilkolta őt az ivóvize megmérgezésével.
II. János Pál pápa majdnem meghalt egy merénylet során a Szent Péter téren 1981-ben A fegyverest elfogták, de vajon egyedül követte el tettét? Vagy ahogy némelyek gondolják, a KGB használta fel őt, mert azt akarták, hogy a pápa meghaljon? Néhányan azt állítják, hogy a "lengyel pápa", ahogyan János Pál ismert volt, a Szovjetuniót fenyegető kelet-európai antikommunista felkelés középpontjában állt. A gyilkossági kísérlet egy kétségbeesett próbálkozás volt, hogy semlegesítsék egyre növekvő befolyását.
Egy másik furcsa eset, ami a Vatikánban történt, az "Isten bankára" Roberto Calvi halála volt. A Vatikánhoz és állítólag a maffiához is szorosan kapcsolódó Calvi elmenekült Olaszországból, és 1982 júniusában felakasztották a Blackfriars híd alatt. Sokan azt állítják, hogy megölték, mert a Vatikán saját bankján keresztül mosta tisztára a maffia pénzét. Az említett bűnöket ismerve az egyház és a maffia számára jobb volt, ha Calvi meghal. Az ügy továbbra is megoldatlan gyilkosság maradt a mai napig.