A "Kristálykoponyák rejtélye" feltárja a legendás ereklyék igazi történetét, kiásva azokat a mítoszokat, legendákat és vitákat, melyek körülveszik őket. A koponyák vajon ősi maja próféciák lehetnek, vagy Atlantisz elveszett városának emlékei? Vagy ahogy sokan gondolják, egy magasan fejlett földönkívüli civilizáció hatalmas tudását tárolják? Hogy megpróbálják megválaszolni ezeket a kérdéseket, egy expedíciót indítottak Belize dzsungelébe, hogy a hiányzó koponyák nyomára akadjanak. A küldetés még magához Indiana Joneshoz is méltó lenne, aki megpróbálta feltárni az emberiség közelgő sorsáról szóló tudást.
Lester Holt a brit felfedező és kalandor Frederick Mitchell-Hedges nyomdokain jár, aki a fiktív Indiana Jones karakter inspirálója volt, akinek lánya fedezte fel az első ókori kristálykoponyát az 1920-as években Lubaantun maja romjai között. Bill Homann, egy mai kalandor és a Mitchell-Hedges koponya gondnoka is csatlakozik Lesterhez a küldetésben, amely elviszi őket Belize alattomos dzsungelébe és a hondurasi partvidék durva vizeire. Együtt a Homann által Mitchell-Hedges-től és lányától, valamint a helyi majáktól kapott nyomokkal egy másik hiányzó koponyát keresnek a denevérekkel teli barlangokban és a krokodiloktól hemzsegő folyókon. Az út során elképesztő felfedezésekre bukkannak, köztük egy elrejtett maja templomra, ami számos kincsnek adhat otthont.
Lester Holt a brit felfedező és kalandor Frederick Mitchell-Hedges nyomdokain jár, aki a fiktív Indiana Jones karakter inspirálója volt, akinek lánya fedezte fel az első ókori kristálykoponyát az 1920-as években Lubaantun maja romjai között. Bill Homann, egy mai kalandor és a Mitchell-Hedges koponya gondnoka is csatlakozik Lesterhez a küldetésben, amely elviszi őket Belize alattomos dzsungelébe és a hondurasi partvidék durva vizeire. Együtt a Homann által Mitchell-Hedges-től és lányától, valamint a helyi majáktól kapott nyomokkal egy másik hiányzó koponyát keresnek a denevérekkel teli barlangokban és a krokodiloktól hemzsegő folyókon. Az út során elképesztő felfedezésekre bukkannak, köztük egy elrejtett maja templomra, ami számos kincsnek adhat otthont.